Zgodnie z wytycznymi Komisji Europejskiej i Ministerstwa Rozwoju Regionalnego instytucje zarządzające regionalnymi programami operacyjnymi zobowiązane są do dostosowania swoich struktur do przepisów dotyczących wdrażania funduszy strukturalnych UE w latach 2007–2013. Taką instytucją w Województwie Śląskim jest Urząd Marszałkowski. Dotychczas przy obsłudze Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego w latach 2004-2006 Urząd Marszałkowski pełnił rolę instytucji wdrażającej, odpowiedzialnej m.in. za ocenę wniosków i wybór dofinansowanych projektów. Instytucją Zarządzającą było Ministerstwo Rozwoju Regionalnego, natomiast Instytucją Pośredniczącą – Śląski Urząd Wojewódzki – odpowiedzialny m.in. za podpisywanie umów o dofinansowanie, realizację, kontrolę i monitoring projektów oraz weryfikację i potwierdzanie płatności. Przy realizacji Regionalnego Programu Operacyjnego w latach 2007–2013 funkcje te przejmie w całości Urząd Marszałkowski. Jako Instytucja Zarządzająca będzie on odpowiedzialny m.in. za ocenę i wybór projektów, realizowanie płatności, kontrole wydatkowanych środków oraz monitoring realizacji programu. W wyniku zmian struktury organizacyjnej Urzędu Marszałkowskiego Województwa Śląskiego w miejsce dotychczas istniejącego Wydziału Programowania Rozwoju i Funduszy Europejskich powstały dwa wydziały: Wydział Rozwoju Regionalnego oraz Wydział Europejskiego Funduszu Społecznego. W skład Wydziału Rozwoju Regionalnego wchodzą referaty ds. programowania i analiz regionalnych, monitoringu i kontroli, EWT, wyboru projektów, kontraktacji i płatności, monitoringu i kontroli projektów oraz obsługi finansowej, informacji i promocji. Wydział Europejskiego Funduszu Społecznego podzielono na referaty: ZPORR 2004 – 2006, zarządzania EFS, wyboru projektów EFS, obsługi projektów EFS, kontroli EFS, a także obsługi finansowej, informacji i promocji.